Fredriksten rajati 17. sajandil. See oli mõeldud asendama senist piirilinnust Bohusi mis läks 1658. aastal Roskilde rahulepinguga Rootsi valdusse. Kindlus nimetati Taani ja Norra kuninga Frederik III järgi.
Linnust ja selle ümber asuvat linna piirati mitmel korral 17. sajandil.
Põhjasõja ajal üritasid Rootsi väed kaks korda Fredriksteni ja Fredrikshaldi vallutada. 11. detsembril 1718 hukkus kindluse piiramisel Rootsi kuningas Karl XII.
Rootslased ründasid kindlust ka 1788. ja 1814. aastal.
Kaasajal asub Fredrikstenis Norra kaitsevägede logistika- ja administratiivkolledž. Kindluses on ka muuseum ja korraldatakse näitusi. Suvel toimub seal vabaõhukontserte.